U Novom Petruševcu, na zagrebačkoj periferiji, od 2020. godine smještene su muzejske čuvaonice Hrvatskog prirodoslovnog muzeja. Na 2000 kvadratnih metara čuva se 1,34 milijuna muzejskih eksponata. Čuvaonice su uređene prema recentnim muzejskim standardima prilagođene osjetljivoj građi o kojoj muzej skrbi; relativna vlaga, temperatura, adekvatna rasvjeta te izolacija od prašine i štetnika.

Na dva kata zgrade u 26 prostorija, od čega je najviše namijenjeno za fundus, smještene su i radne prostorije za kustose, prostor za karantenu, hladnjače za građu, preparatorska radionica i DNA laboratorij, a u čuvanicama postoji i prostorija za čuvanje radioaktivnih minerala i kemikalija.

Projekt novih čuvaonica završen još u rujnu 2020. godine i vrijedan preko 2,056 milijuna EUR u potpunosti je financiran sredstvima Grada Zagreba te predstavlja najveću specijaliziranu muzejsku čuvaonicu u Hrvatskoj. Dodatnim sredstvima Fonda solidarnosti Europske unije (preko128 tisuća EUR) i Grada Zagreba (više od 185 tisuća EUR-a) čuvaonice su adekvatno opremljene tijekom 2022. godine; nabavljeni su arhivski regali, ladičari, entomološke kutije, arhivske kutije za pohranu građe i ostali radni i zaštitni materijal neophodan za uspješno preseljenje i pohranu muzejske građe i inventara u nove čuvaonice u Novom Petruševcu.

Hrvatski prirodoslovni muzej trenutno čeka dovršetak rekonstrukcije i dogradnje matične zgrade, Palače Amadeo u Demetrovoj ulici na Gornjem Gradu, koja se očekuje krajem ove godine. Obnovu palače u okviru konstruktivne sanacije financirao je Fond solidarnosti Europske unije, a rekonstrukciju i dogradnju te novi stalni postav Ministarstvo regionalnog razvoja i fondova EU te osnivač Grad Zagreb.